微型蠕動泵是通過對泵管進行交替擠壓和釋放來泵送流體的。微型蠕動泵是靠壓縮軟管和軟管自然回彈產生吸力和流體輸送的，不工作時松開壓管壓塊使泵管處于自然不受壓狀態，可延長泵管壽命。在滿足流量的前提下，盡可能使泵速降低到300轉以內。

泵頭的轉速越快，泵管使用的時間越短，所以盡可能的選擇更大的管徑的泵，從而降低泵的轉速，延長軟管使用壽命。泵頭上用蠕動泵管，其余連接管用普通的管道。由于蠕動泵上用的擠壓管需要良好的抗壓回彈性，抗撕性能，因此這些泵管的材料純度比較高，壁厚和形狀精度較高，價格也就較高。

因此采用普通管做連接管會比較實惠。蠕動泵管入口盡可能短，管路的接頭和口徑不要低于泵頭所裝卡管的口徑。蠕動泵的入口管路過長或者口徑變小，就會造成吸入端阻力過大，阻力過大泵管回彈就會受阻，因此輸送的實際流量會受到大的損失。

同理出口管路如果口徑變小或者管路過長，由于蠕動泵的排出壓力通常較小，當排出阻力過大就會造成輸出流量降低的現象。選型時理論流量要大于實際流量，大于30%。泵管較軟，因此其所產生的負壓和排出壓力較小，如果輸送的液體有一定粘度或者管路有一定的長度，就會造成實際流量的損失。

為了達到需要的流量選型時理論流量，就要稍高于實際流量。在使用過程中要注意清理泵殼和泵管上的雜物。由于蠕動泵主要靠泵殼保持較高精度的間隙，從而擠壓泵管，如果液體粘連到泵殼壓輪和壓塊及泵管上，就會改變泵頭的壓緊間隙，造成泵管的過度過早磨損，嚴重的會影響到泵頭造成泵頭的損壞。

微型蠕動泵在使用的時候要定時檢查泵管的磨損情況。因為蠕動泵管是易損件，一旦破損就會造成液體滲漏，因此要及時檢查泵表的表面是泵有早期磨口，以防止泵管破損。在選擇蠕動泵的時候，要注意需要輸送的液體會不會腐蝕泵管，需要通過化學相溶表做對比或者通過浸泡實驗確保泵管可以使用。